Холод используется при хранении цельного яйца в охлажденном виде и разбитого яйца (меланжа) в замороженном виде.

Содержимое свежих яиц (за небольшим исключением) стерильно. Значительное количество микроорганизмов содержится на скорлупе яиц, и через скорлупу микроорганизмы проникают в яйцо. На загрязненном яйце содержатся сотни тысяч и даже миллионы бактерий. Обычными источниками загрязнения яйца являются подстилка, почва и фекалии. Поэтому микрофлора яйца разнообразна по составу. В ней находят сапрофитные почвенные бактерии - грамотрицательные (родов Pseudomonas, Aeromonas, Alcaligenes и др.); грамположительные (родов Arthrobacter, Corynebacterium); бактерии группы кишечной палочки и др.

Если птица больна салмонеллезом, яйца инфицированы бактериями Salmonella. Вкус и запах яиц при размножении в них бактерий Salmonella заметно не изменяются.

Более опасно, когда бактерии Salmonella попадают в меланж. Это ведет к их распространению по большой массе продукта. На яйцах развиваются также дрожжи и плесени. Проникновению микроорганизмов со скорлупы внутрь яйца способствует повреждение естественно образующейся на ней пленки из высохшей слизи, особенно при несвоевременном сборе яиц, а также при продолжительном хранении.

При холодильном хранении преобладающей бактериальной флорой яйца становятся Pseudomonas и родственные им бактерии. Установлена зависимость между количеством бактерий на скорлупе яйца и сроком его хранения.

Развитие бактерий в белке из-за наличия в нем веществ, задерживающих их рост, происходит значительно медленнее, чем в желтке, в котором содержится много питательных веществ для микроорганизмов.

Размножающиеся в яйце бактерии вызывают изменение его цвета и запаха. Ощутимая бактериальная порча яйца (желтка) наблюдалась при содержании размножающихся в нем бактерий в количестве 5 х 10⁷ - 5 х 10⁸ в 1 мл, а при размножении бактерий Pseudomonas graveolens - менее 10⁷ в 1 мл.

Порча яиц при холодильном хранении может быть вызвана также плесневыми грибами родов Penicillium, Sporotrichum, Cladosporium и др. При развитии плесеней в яйце изменяется цвет белка.

В меланже, который хранится в замороженном состоянии, содержание бактерий снижается, но при -18° С, как и в других продуктах, относительно медленно. Через 60 и 90 дней хранения количество жизнеспособных бактерий составляло 13 и 10% от исходного количества.

При длительном оттаивании меланжа выжившие в нем микроорганизмы могут вызвать его порчу. Поэтому оттаивание должно быть кратковременным, хранение оттаявшего меланжа не допускается.