При производстве и хранении соков возможна их порча. Она может быть вызвана микроорганизмами, действием ферментов и неферментативными изменениями, обусловленными взаимодействием компонентов сока (например, реакции между аминокислотами и моносахарами с образованием меланоидинов), а также сока с кислородом воздуха или металлическими поверхностями оборудования и тепловым воздействием.
Фруктовые соки из-за наличия в их составе органических кислот являются неблагоприятной средой для развития патогенных бактерий. В натуральных яблочном, черносмородиновом и вишневом соках большинство патогенных бактерий погибает через сутки. Такое бактерицидное действие соков частично обусловливается концентрацией водородных ионов, частично - деионизацией молекул самой кислоты.
Гранатовый сок обладает антибактериальным действием, что объясняется наличием в нем лимонной кислоты, фенольных соединений и красящих веществ.
Осветленные и неосветленные свежеотжатые яблочный и гранатовый соки обладают более сильным бактерицидным действием, чем пастеризованные соки.
В соках могут развиваться и вызывать их порчу неспорообразующие и спорообразующие кислотоустойчивые бактерии, дрожжи, плесени, молочно- и уксуснокислые бактерии. Рост других видов микроорганизмов, обычно встречающихся на пищевых продуктах, тормозится кислотностью соков, их низким рН и окислительно-восстановительным потенциалом. Большинство соков имеет рН 3-4, неблагоприятный для развития большинства бактерий, особенно гнилостных. Причем буферная способность соков очень высока и мало изменяется под влиянием жизнедеятельности микроорганизмов, исключая случаи брожения с образованием кислот (яблочной, уксусной или масляной). В целях предотвращения порчи соков и создания условий для их длительного хранения соки консервируют путем тепловой обработки их или добавления консервирующих химических веществ. Наиболее широко применяется тепловая обработка.